Cemjata sa po prvýkrát písomne spomína v roku 1249 ako vyvinutá obec. Spočiatku patrila hradu Šariš, od roku 1344 zemanovi Petrovi. V roku 1828 mala táto osada 3 domy s 26 obyvateľmi, Vydumanec 6 domov s 54 obyvateľmi.
Cemjata si v 18. storočí získala meno ako kúpele. Vodu zo zemito-uhličitého prameňa zvykli užívať obyvatelia z blízkeho okolia na liečenie vnútorných a dýchacích chorôb. V blízkej doline Chujavky sú ďalšie minerálne pramene Kadlubek a Kvašná voda.
V roku 1971 sa uznesením vlády SSR o územných zmenách v okrese Prešov vyčlenilo z katastra obce Malý Šariš 1213 hektárov a pričlenilo k mestu Prešov. Týmto jednoduchým administratívnym krokom, ktorý bol učinený s cieľom vytvoriť pre Prešovčanov rekreačnú prímestskú oblasť, prišla obec o dve tretiny svojho dovtedajšieho územia a o približne 130 obyvateľov.
Začiatkom deväťdesiatych rokov sa vedenie obce a Združenie bývalých urbárskych a pasienkových spoločenstiev obce usilovali o spätné prinavrátenie odobratého územia. Podporu v tomto úsilí im v plebiscite vyjadrilo 93,6% Malošarišanov. Snaha nebola korunovaná úspechom.
